Върху основата на съборната църква на някога съществувалия в София манастир "Св. Иван Рилски" през 1528 г., при управлението на султан Сюлейман I Великолепни, е издигната монументална джамия, наречена "Имарет". Популярното ѝ наименование "Черната джамия" идва от облицованото с черен мрамор минаре. В общественото съзнание е свързана и с използването ѝ като политически затвор след 1878 г.

По инициатива на министър-председателя Петко Каравелов джамията е преустроена в църква през 1901 – 1903 г. по проект на архитектите Й. Миланов и П. Момчилов. Изписването на храма завършва през 1966 година.